Engerhafe liegt auf einer natürlichen Geestinsel am westlichen Rand der ostfriesischen Geest zwischen den hier verbreiteten Reihensiedlungen (Upstrecksiedlungen = Aufstrecksiedlungen) auf künstlich geschaffenen Erdwällen, zu denen auch die benachbarten Orte Victorbur und Siegelsum gehören, zwischen denen Engerhafe liegt.