Als Funnix im 11. Jahrhundert gegründet wurde, war der Deichbau noch nicht die verbreitetste Methode zum Hochwasserschutz an der Nordsee. Meist legte man die Ortschaften auf künstlich aufgeschütteten Hügeln, den so genannten Warften an. Zusätzlich gab es bei Funnix aber auch einen niedrigen Deich. Südlich von Funnix sind vermutliche Fundamentreste einer Burg aus dem 15. Jahrhundert, der Ihnkeburg, gefunden worden.
Erst um 1550 begann die systematische Eindeichung von Teilen der Harlebucht zur Landgewinnung, 1599 wurde der Sielort Funnixsiel nördlich von Funnix am neuentstandenen Deich gegründet. Fortschreitende Landgewinnung führte zur Gründung von Neufunnixsiel 1658, anlässlich derer Funnixsiel in Altfunnixsiel umbenannt wurde.
Die neuen Deiche im Harlingerland hielten aber nicht jedem Hochwasser stand. Die schwerste Sturmflut in der Geschichte Ostfrieslands war die Weihnachtsflut vom 24. auf dem 25. Dezember 1717. Das Meerwasser richtete große Verwüstungen und Überflutungen in weiten Teilen Ostfrieslands bis zum Geestrand an. Wittmund, Jever und Burhafe wurden geschont, aber im Kirchspiel Funnix alleine zählte man 243 Todesopfer. Funnix gehörte damit zu den schwerstgetroffenen Dörfern. Es dauerte Jahre, die alte Deichlinie wieder herzustellen.
Wenig später begann man aber schon mit neuen Eindeichungen, bei denen als Sielort Carolinensiel gegründet wurde. In neuerer Zeit entstand mit Harlesiel (1953) der vorerst jüngste Sielort. Bis in die 1960er Jahre bildeten die drei Orte Funnix, Altfunnixsiel und Neufunnixsiel eine selbständige Gemeinde, wurden dann aber mit Carolinensiel und Harlesiel zur Samtgemeinde zusammengefasst. Später erfolgte die Eingemeindung nach Wittmund.
Altfunnixsiel ist heute ein staatlich anerkannter Erholungsort. Wie Neufunnixsiel ist er insbesondere touristisch geprägt.