Im Jahre 861 findet sich die erste urkundliche Erwähnung von Merklingen als Marchelingen in der Gründungsurkunde des Klosters Wiesensteig.  Seit 1482 gehörte der Ort zum Gebiet der Reichsstadt Ulm.
Merklingen kam 1810 zum Königreich Württemberg und wurde dem Oberamt Blaubeuren zugeteilt, welches 1938 im Landkreis Ulm aufging.
Der Weiler Widderstall wurde am 6. Juli 1209 in einer von Papst Innozenz III. und 13 Kardinälen unterschriebenen Urkunde erstmals erwähnt. Innozenz III. nahm das Prämonstratenserkloster Ursberg mit seinen Besitztümern, zu dem auch ein Klosterhof nahe dem heutigen Widderstall gehörte, unter Schutz. Im 13. Jahrhundert gab das Kloster den Hof bereits wieder auf, die Wiederbesiedlung Widderstalls begann Anfang des 19. Jahrhunderts. Die "Interessengemeinschaft Geschichte und Brauchtum Merklingen (Alb)" hat zusammen mit Widderstaller Bürgern einen Brunnen aus dieser Zeit restauriert.