Seinen Namen verdankt das Dorf wahrscheinlich einer Kapelle zum Heiligen Naborius, die das Kloster Lorsch um 800 hier errichtete. In den schriftlichen Unterlagen taucht Nabern 861 erstmals auf. In einer Schenkungsurkunde dieses Jahres übereignete der Pfalzgraf Rudolf aus dem Geschlecht der Alaholfinger Grundbesitz in Nabern dem Kloster Wiesensteig. Vom 11. bis in die Mitte des 12. Jahrhunderts gehörte Nabern den Zähringern, danach den Herzögen von Teck, die zu Beginn des 14. Jahrhunderts ihre Rechte an die Habsburger verkauften. Ende des 14. Jahrhunderts kam die hohe Obrigkeit schließlich an die Grafen von Württemberg. Ein Ortsadel wird nur einmal im 12. Jahrhundert mit „Arnoldus de Nabera“ erwähnt. Neben den Adelsgeschlechtern der Herren von Dettingen, der Stein zum Rechtenstein und Gangeler von Bissingen waren in Nabern zahlreiche geistliche Grundherrschaften begütert. Zu nennen sind neben dem Kloster Wiesensteig das Kloster St. Peter, seit 1261 das Kirchheimer Frauenkloster und 1501 das Chorherrenstift Oberhofen in Göppingen. Der geistliche Besitz kam durch die Reformation und letztendlich 1806 durch die Säkularisation an Württemberg.
Im Krieg gegen Herzog Ulrich erlitten die Naberner durch den Schwäbischen Bund schweren Schaden. Die Einwohnerzahl lag Mitte des 16. Jahrhunderts bei etwa 150 und stieg bis zum Beginn des Dreißigjährigen Krieges auf rund 300 Personen. Dieser Krieg reduzierte bis 1648 den Bevölkerungsstand auf nahezu ein Fünftel.
Die Pfarrkirche zum Heiligen Johannes, eine der ältesten des Kreises Esslingen, bestand schon zu Anfang des 12. Jahrhunderts. Mit Einführung der Reformation 1534 ließ Herzog Ulrich die Pfarrei zunächst eingehen. 1552 setzte Herzog Christoph den ersten evangelischen Pfarrer in Nabern ein. Durch den reduzierten Bevölkerungsstand im Dreißigjährigen Krieg wurde die Kirchengemeinde von 1635 bis 1656 kirchlich als Filial von Bissingen mitbetreut. Im 17. Jahrhundert gehörte Nabern auch bürgerlich zum Gericht nach Bissingen. Seit 1617 lässt sich erstmals ein Schulmeister nachweisen. Durch die Folgen des Dreißigjährigen Krieges ging die Schule ein und die Schüler besuchten die Bissinger Schule. Seit 1684 befand sich die Schulstube dann im damals neu erbauten Rathaus (heutige Nutzung als Weinstube im Alten Rathaus) und ein Schulmeister unterrichtete die Naberner Jugend. Das neue Schulgebäude datiert aus dem Jahre 1873/74 (heute Rathaus).
Noch bis zum Ende des 19. Jahrhunderts wurde die gewerbliche Tätigkeit in Nabern nebenher ausgeübt, denn die Landwirtschaft dominierte. Seinen rein bäuerlichen Charakter verlor das Dorf 1897 durch die auf die Markung Bissingen errichtete mechanische Baumwollweberei der Firma Kolb & Schüle AG. 1938 entstanden an der Straße nach Dettingen die Werkanlagen der von Wolf Hirth und Martin Schempp gegründeten Firma Schempp-Hirth GmbH. Durch die Ansiedlung weiterer Industrie- und Gewerbebetriebe nach dem Zweiten Weltkrieg änderten sich die wirtschaftlichen Verhältnisse der Gemeinde Nabern allmählich.
Die seit 1861 nahezu konstante Einwohnerzahl von rund 450 erhöhte sich durch die Aufnahme von Heimatvertriebenen auf 710 im Jahre 1950. Von 400 im Erwerbsleben stehenden Personen war die Hälfte noch in der Landwirtschaft tätig.
Zahlreiche Infrastrukturmaßnahmen, wie z. B. Baulanderschließung, Flurbereinigung, Kanalisation, Kläranlage, Straßen- und Wegebau, das neue Rathaus, die Grundschule, die Ansiedlung zahlreicher Wirtschaftsunternehmen, schufen 1.200 Arbeitsplätze. Nabern entwickelte sich zur bevorzugten Wohngemeinde mit einem Bevölkerungsstand von zeitweise annähernd 2.000 Einwohnern.
1974 folgte die Eingemeindung in die Große Kreisstadt Kirchheim unter Teck. Seither besteht im Rathaus eine Ortschaftsverwaltung, die von einem hauptamtlichen Ortsvorsteher geleitet wird.